###############
*gff.2.bg*
###############
calculate centers of genomic intervals

**************************************************************************
description
**************************************************************************

``gff.2.bg`` converts a gff file with scores into a bedGraph file.

**************************************************************************
usage
**************************************************************************

::

  gff.2.bg ( gff, extendbp=60 )


**************************************************************************
arguments
**************************************************************************

===========================      ===============================================================================================================================================================================================================
 Main options                     Description
===========================      ===============================================================================================================================================================================================================
**gff**                             a string defining the gff file name to convert
**extendbp**                        positive interger. if interval start and end coordinates are identical, this value is added to the end coordinate in the output bedGraph.
===========================      ===============================================================================================================================================================================================================


**************************************************************************
output
**************************************************************************
``gff.2.bg`` converts a gff file with scores into a bedGraph file.


**************************************************************************
examples
**************************************************************************

convert a gff file to a bed file
"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""

.. highlight:: r


::

 > gff.2.bg ( "MNase-CHIP.gff" )

convert all gff files in current directory to bed files
"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""

::

 > gffs <- files ( "*.gff" )
 > lapply( gffs , gff.2.bg )