############### *bed.centers* ############### calculate centers of genomic intervals ************************************************************************** description ************************************************************************** ``bed.centers`` generates a bed file of 1-bp intervals corresponding to the central base each genomic interval. ************************************************************************** usage ************************************************************************** :: bed.centers ( bedfile ) ************************************************************************** arguments ************************************************************************** =========================== =============================================================================================================================================================================================================== Main options Description =========================== =============================================================================================================================================================================================================== **bedfile** a string defining the bed file name to find centers of =========================== =============================================================================================================================================================================================================== ************************************************************************** output ************************************************************************** ``bed.centers`` generates a bed file of 1-bp intervals corresponding to the central base of each genomic interval. ************************************************************************** examples ************************************************************************** make a bed of centers of MNase-seq fragments """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""" .. highlight:: r :: > bed.centers ( "MNaseSeqFragments.bed" )